Fischingen gehörte bis zum Jahr 1468 zur Pfarrei Empfingen.

Nach Errichtung einer Kapelle kam der Ort zur Schlosskaplanei von Wehrstein. Doch bereits 1508 wurde Fischingen wieder als Filiale der Pfarrei Empfingen geführt. Erst im Jahr 1790 erlangte die Fischinger Pfarrei  „St. Margaretha" ihre Eigenständigkeit. Der letzte eigene Pfarrer in Fischingen war Hubert Knaupp. Er kam 1961 nach Fischingen. Nach seiner Pensionierung im September 1992 wurde die Pfarrei von Empfingen aus mitbetreut. Heute gehört die Kirchengemeinde zusammen mit Betra, Dettensee, Empfingen und Glatt zur Seelsorgeeinheit St. Ulrich. Das Pfarrbüro ist in Empfingen.

Die alte Kirche in Fischingen wurde immer wieder renoviert und umgebaut, blieb aber ein sehr erbärmlicher Bau. Der Turm hatte kein eigenes Fundament. Die Erschütterung durch die Glocken bewirkte, dass die Risse zwischen Giebel-und Langwand immer größer wurden.

Im Jahr 1900 wurde mit dem Bau der neuen Kirche nach Plänen des Stuttgarter Architekten Raisch begonnen.
Am 5. Dezember 1901 erfolgte die Einweihung durch Pfarrer Schmid aus Weildorf.
Die Altarweihe fand am 4. Juni 1902 durch den Freiburger Erzbischof Dr. Thomas Nörber statt.

Neugotische Stilformen prägen die Fischinger Pfarrkirche, ein imposantes Bauwerk für die damals arme Gemeinde. Sie war ursprünglich ausgemalt von Kunstmaler Eisele aus Donaueschingen. Bei der Renovierung der Kirche in den Jahren 1959/60 wurden die Gemälde verputzt. Die letzten großen Renovationen fanden 1986 (Außenrenovation)  und 1988 (Innenrenovation)  statt. Das Turmkreuz wurde 2003 erneuert. (Quelle: www.kath-empfingen.de)